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Table 1 The B-cell epitopes with antigenicity and conservancy analysis

From: Cross-variant proof predictive vaccine design based on SARS-CoV-2 spike protein using immunoinformatics approach

Epitopes

Antigenicity

Conserved (Y)

Not-conserved (N)

Percentage of protein sequence match ≥ 100%

Minimum identity (%)

Maximum identity (%)

W

δ

O

α

Β

γ

ε

NKSWMESEFR

0.6813

Y

Y

Y

Y

Y

Y

N

85.71% (6/7)

90.00

100.00

LREFVFKNID

0.8332

Y

Y

Y

Y

Y

N

Y

85.71% (6/7)

90.00

100.00

PDKVFRSSVLHS

1.649

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

GINITRFQTLLALHRSYLTP

0.6602

Y

Y

Y

Y

N

Y

Y

85.71% (6/7)

50.00

100.00

KTQSLLIVNN

0.8332

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

MDLEGKQGNFKN

1.3296

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

KNIDGYFKIYSKHTPINL

0.749

Y

Y

N

Y

Y

Y

Y

85.71% (6/7)

88.89

100.00

FLGVYYHKNNKSWMESEFRV

0.5741

Y

N

N

N

Y

Y

N

42.86% (3/7)

70.00

100.00

LGDIAARDLI

0.9922

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

HADQLTPTWR

0.6323

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

TSALLAGTIT

0.6493

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

IAYTMSLGAE

1.0165

Y

Y

N

Y

N

Y

Y

71.43% (5/7)

90.00

100.00

SIAIPTNFTISVTT

0.8408

Y

Y

Y

N

Y

Y

Y

85.71% (6/7)

92.86

100.00

EIRASANLAATKMS

0.8607

Y

Y

Y

Y

Y

N

Y

85.71% (6/7)

92.86

100.00

KRVDFCGKGYHLMS

1.0454

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

MSLGAENSVAYSNN

0.8278

Y

Y

N

Y

N

Y

Y

71.43% (5/7)

92.86

100.00

IPFAMQMAYRFNGIGVTQ

1.4137

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

PTNFTISVTTEILPVSMTKT

1.2666

Y

Y

Y

N

Y

Y

Y

85.71% (6/7)

95.00

100.00

  1. W, δ, O, α, β, γ, and ε correspond to spike protein of wild-type (B), delta (B.1.617.2), omicron (BA.1.17.2), alpha (B.1.17), beta (B.1.351), gamma (P.1) and epsilon (B.1.427) variant of SARS-CoV-2