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Table 2 The T-cell epitopes (MHC class I and MHC class II; 9mer and 15mer) with antigenicity and conservancy analysis

From: Cross-variant proof predictive vaccine design based on SARS-CoV-2 spike protein using immunoinformatics approach

Epitopes

Antigenicity

Conserved (Y)

Not-conserved (N)

Percentage of protein sequence match ≥ 100%

Minimum identity (%)

Maximum identity (%)

W

δ

O

α

Β

γ

ε

KWPWYIWLG

1.0478

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

NRALTGIAV

0.5302

Y

Y

N

Y

Y

Y

Y

85.71% (6/7)

88.89

100.00

IAIVMVTIM

1.1339

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

AEIRASANL

0.7082

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

MSLGVENSV

0.6283

N

N

Y

N

Y

N

N

28.57% (2/7)

88.89

100.00

IPFAMQMAYRFNGIG

1.2828

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

SNLKPFERDISTEIY

0.8255

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

AEIRASANLAATKMS

0.8255

Y

Y

Y

Y

Y

N

Y

85.71% (6/7)

93.33

100.00

IGINITRFQTLLALH

0.8391

Y

Y

Y

Y

N

Y

Y

85.71% (6/7)

73.33

100.00

WYIWLGFIAGLIAIV

0.577

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

IWLGFIAGLIAIVMV

0.615

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Y

100.00% (7/7)

100.00

100.00

  1. W, δ, O, α, β, γ, and ε correspond to spike protein of wild-type (B), delta (B.1.617.2), omicron (BA.1.17.2), alpha (B.1.17), beta (B.1.351), gamma (P.1) and epsilon (B.1.427) variant of SARS-CoV-2